Az olasz bringás részese volt egykori csapata, a Lampre doppingbotrányának. Azzal védekezett, hogy betegségére szedte a tiltott listán szereplő szereket. 

Rajta kívül két segítőjét, Guido Nigrelli gyógyszerészt és Fiorenzo Egeo Bonazzi orvost is eltiltották, előbbit örökre száműzték a sportból, utóbbi pedig négy évig nem praktizálhat.

A 34 esztendős, 2008-ban világbajnok Ballan eltiltása 2016. január 16-án jár le, kérdéses, hogy utána képes lesz-e folytatni a pályafutását.